Zgodnie z projektem nowelizacji ustawy o podatku dochodowym z dniem 1 stycznia 2014 roku spółki komandytowe i komandytowo-akcyjne mają zostać objęte podatkiem dochodowym od osób prawnych (CIT). Według obowiązujących obecnie przepisów podatkiem objęty jest wyłącznie dochód wspólników, a nie dochód spółki. Nowelizacja ustawy przewiduje opodatkowanie dochodu rzeczywiście osiągniętego przez wspólników w/w spółek z tytułu udziału w zysku spółki. Komplementariusz wypłacając zysk nabędzie prawo do odliczenia od podatku naliczonego od wypłat z zysku kwoty podatku zapłaconego przez spółkę od własnych dochodów w części, w jakiej zapłacony podatek  obniżał wypłacony mu zysk spółki. Podobnie opodatkowany będzie komandytariusz występujący w spółce komandytowej, jak i akcjonariusz spółki komandytowo-akcyjnej. Nowe przepisy mają na celu zwiększenie integralności systemu podatkowego oraz zagwarantowanie sprawiedliwości podatkowej podmiotów prowadzących działalność gospodarczą.